Cơ cấu tổ chức Trường Đại học Quy Nhơn bao gồm:
1. Hội đồng trường;
2. Hiệu trưởng
3. Các Phó Hiệu trưởng;
4. Hội đồng khoa học và đào tạo và các hội đồng khác;
5. Các đơn vị thuộc trường: là các đơn vị không có tư cách pháp nhân, bao gồm các khoa; các viện nghiên cứu; các cơ sở; các phòng chức năng, văn phòng, trung tâm, tạp chí khoa học gồm các đơn vị sau:
- 12 đơn vị đào tạo Khoa: Khoa Công nghệ thông tin, Khoa Giáo dục thể chất, Khoa Giáo dục Tiểu học và Mầm non, Khoa Khoa học Tự nhiên, Khoa Khoa học xã hội và Nhân văn, Khoa Kinh tế và Kế toán; Khoa Kỹ thuật và Công nghệ, Khoa Lý luận chính trị - Luật và Quản lý nhà nước, Khoa Ngoại ngữ, Khoa Sư phạm, Khoa Tài chính - Ngân hàng và Quản trị kinh doanh, Khoa Toán và Thống kê.
- 12 đơn vị Phòng, Trung tâm, Văn phòng, Viện: Phòng Công tác sinh viên và Hợp tác doanh nghiệp, Phòng Đào tạo, Phòng Hành chính - Tổng hợp, Phòng Kế hoạch - Tài chính, Phòng Khảo thí và Bảo đảm chất lượng, Phòng Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế, Phòng Thanh tra, Phòng Tổ chức - Nhân sự, Trung tâm Giáo dục quốc phòng và An ninh, Trung tâm Số và Học liệu, Văn phòng Đảng - Đoàn thể, Viện Khoa học giáo dục.
6. Các đơn vị trực thuộc trường: là các đơn vị có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, bao gồm viện nghiên cứu khoa học và công nghệ; trung tâm dịch vụ đào tạo; doanh nghiệp gồm các đơn vị sau: Trung tâm Tin học, Trung tâm Ngoại ngữ, Trung tâm Ngôn ngữ và Văn hóa Nhật Bản, Trung tâm tư vấn và chuyển giao Kỹ thuật công nghệ; Trung tâm Đào tạo và Tư vấn Kinh tế & Kế toán, Viện Nghiên cứu ứng dụng Khoa học và Công nghệ.